中心内设综合科、信息技术科、归集管理科、资金运作科、会计核算科、财务审计科、监察室、行政服务处、政策法规科、客户服务中心，以及崇川区办事处、开发区办事处、政务中心办事处、通州湾办事处和通州、海安、如皋、如东、海门、启东十个经办网点。