中国人民银行南通市分行设下列内设机构：

办公室（党委办公室）、法律事务科、货币信贷政策管理科、宏观审慎与金融市场管理科、金融稳定科、统计研究科、支付结算科（营业室）、科技科、货币金银科、保卫科、国库科、征信管理科、反洗钱科、国际收支科、外汇管理一科、外汇管理二科、会计财务科、内审科、人事科（党委组织部）、机关党委办公室（党委宣传部）、纪委办公室、如皋营业管理部。