【土壤】南通市土壤分为4大土类，9个亚类，21个土属，61个土种。4大土类分别为潮土、盐土、水稻土和黄棕壤及石灰质土（也称棕色石灰土）。其中前三者为非地带性土壤，后者为地带性土壤。非地带性土壤潮土类，以长江三角洲平原江淮海相河相冲积物为母质，在草甸植被下发育形成，分布于江北岸古沙咀延伸的古沙洲平原。成土年龄5000～6000年，短的只有一二百年。盐土类主要分布在海安市、如东县、通州区、海门区、启东市等县（市、区）堤岸内侧的带状区域。盐土土体及浅层地下水含有过多的可溶性盐分，影响作物正常生长。盐土的形成和脱盐过程是南通市土壤形成的集中表现。水稻土类主要发育在北部里下河洼地古湖相沉积物和中部长江古河汊区河海相沉积物上，是人为的水成土。地带性土壤黄棕壤土类，主要分布在南通市主城区南郊五山地区。其中，军山土颗粒细，有机质含量高，团粒结构好，孔隙度大，水气热比较协调，是园林培育名贵花木或种茶的宝贵土壤。

【植物】南通市光照强度的时空变化较快，幅度也较大。陆地植物适应光照条件的阳生植物、阴生植物和耐阴阳生植物 3 个基本类群均有分布，长短日照植物均有生长。除陆地植物外，沉水植物、浮水植物和挺水植物等水生植物类群在南通市分布也很广。全市有野生植物 1242 种。其中，银杏、水杉、杜仲、野大豆、鹅掌楸、天目木兰和厚朴属国家级保护植 物，卷丹为华东地区珍稀濒危植物。全市比较稀有的植物有松叶蕨和楸树等。野菱、水曲柳、樟树为国家二级重点保护野生植物。五山地区为浅丘，天然森林植物群落在此分布。据调查，五山地区有维管束植物142 科 449 属 712 种。 乔木类型主要优势种为黑松、侧柏、榆树、枫杨、麻栎等 ；灌木主要优势种有算盘子、六月雪、桑、刺槐、茅莓等 ；草本类型主要有野胡萝卜、禾草、苔草、酢浆草、景天、婆婆纳等。种子植物以菊科、禾本科、蔷薇科、豆科种类最多，其次是唇形科、蓼科、毛茛科、大戟科。树木种类以松、柏科面积最大，以落叶阔叶乔木和灌木种类最多，杂有樟、女贞、柞木等常绿阔叶树。次生林中温带成分有榆、麻 栎、洋 槐、枣等，亚热带成分有樟、女贞、海州常山、算盘子、络石等。落叶阔叶–常绿阔叶混交林是南通地区的地带性植被。南通市湿生水生植被分布在全市各级别的河道、池塘、洼地的水面、河漫滩和河岸上，包括长江边及江心洲上，主要有狐毛藻、黑 藻、金鱼藻、芦苇、荻、茭白、茨菰、藕、芡实、菱角、水芹、荸荠、菖蒲、水浮莲、水花生、满江红等各种藻类。沼生植物主要分布在海安市西北部，草本沼泽、苔草泥炭藓沼泽、泥炭沼泽均有分布。南通市沿海地区遍布盐生植被，在盐土上生长的耐盐植物主要有盐蒿、碱蒿、中华补血草、羊角菜等，沼生盐土植被主要有大米草、糙 叶苔、咸水草、蒲草、芦竹、芦苇等，盐土水生植物主要有川蔓藻、狐尾藻、金鱼藻等。

【动物】 陆地动物 南通市地处北亚热带季风区，气候温和，四季分明，雨量丰沛，水网密布，有利于动物繁衍生存。境内动物以适应农田及丘陵灌丛环境的种类为主。哺乳动物有普通田鼠、褐家鼠、猪獾、黄鼬、刺猬、獐等 ；爬行类物种有蝮蛇、赤链蛇、王锦蛇、巨 蜥、中华鳖等。其 中属于省重点保护物种的有赤链蛇、王锦蛇、乌梢蛇和蝮蛇等，巨蜥为国家一级重点保护野生动物。两栖类物种有黑斑蛙、泽蛙、中国雨蛙、金钱 蛙、中华大蟾蜍等。南通市陆地植被繁茂、湿地滩涂广袤、食物饵料丰 富，是南北向候鸟迁徙东线的必经之地，野生鸟类资源丰富、品种众多。1985— 1988 年，南通市开展鸟类普查，留鸟、候鸟、旅鸟等计 18 目48 科 254 种。进 入 21 世纪后，随 着生态环境的改善，观鸟人群的增多和鸟类拍摄技术的进步，发现和记录的野生鸟类品种不断增加。根据2018—2020 年本底调查结果，南通地区有可靠记录的留鸟、夏候鸟、冬候 鸟、旅 鸟、漂 鸟、迷 鸟，计 19 目 59科 373 种，约占全国鸟类品种总数的 29%。其中，国家一级保护的有白鹈鹕、黄嘴白鹭、东方白鹳、黑脸琵鹭、青头潜鸭、秃鹫、小青脚鹬、勺嘴鹬、黑嘴鸥、遗鸥、黄胸鹀、中华凤头燕鸥 12 种 ；国家二级保护的有卷羽鹈鹕、白琵鹭、鸳鸯、黑冠鹃隼、凤头蜂鹰、赤腹鹰、雀鹰、普通狂鸟、灰脸狂鸟鹰、鹗、红隼、燕隼、灰鹤、小杓鹬、小鸦鹃、长耳、东方角、仙八色鸫等 40 种 ；列入濒危鸟类的有勺嘴鹬、黑嘴鸥、小灰山椒鸟、发冠卷尾、紫寿带、小太平鸟、丝光椋鸟、震旦鸦雀 等 20 余 种。每年春秋迁徙季时，大量的水鸟和林鸟经过和栖息在市境海岸带地区，是南通市野生鸟类的一大特色。如东洋口港开发区的水鸟数量与品种，达到国际重要湿地标准。2023 年，如东小洋口沿海滩涂湿地勺嘴鹬重要栖息地、启东长江口湿地候鸟重要栖息地、海门蛎岈山湿地候鸟重要栖息地入选国家首批陆生野生动物重要栖息地名录。淡水水生动物  南通位于长江下游入海口，境内生活着各种鱼类。其中有在内陆水域栖居的鲤、鲫、鳊、鲂、鳜、黄鳝等，有生活在长江、内河的青、草、鲢、鳙、鲶等，以及鲻、梭、鲈等咸淡水鱼类，还有江海洄游的达氏鲟、白鲟、中华鲟、刀鲚、凤尾鱼、银鱼、河豚、鳗鲡和松江鲈鱼等。其中，中华鲟、白鲟为国家一级保护野生动物。2022年7月21日，白鲟在世界自然保护联盟（IUCN）发布的全球濒危物种红色目录更新报告中被正式宣布灭绝。2023年，南通江豚湾项目正式启动。长江江豚是长江特有的淡水鲸豚类动物，为国家一级保护野生动物，也是评估长江生态系统状况的重要指示物种，在南通市从开沙岛至启东港均有分布，经常出没区域为市区滨江公园、龙爪岩、梵音广场江段。海洋动物  南通市境内海水中富含营养物质，水生无脊椎动物虾、蟹、贝类繁多。据统计，南通滩涂贝类资源列江苏沿海各市之首，主要经济贝类有文蛤、青蛤、四角蛤、泥螺、竹蛏和西施舌等9种。近海鱼类有130余种，其中大黄鱼、小黄鱼、带鱼、鲳鱼、梅童鱼、海鳗、鳓鱼、黄鲫和马鲛鱼等多获性经济鱼类75种。

【湿地】 南通市湿地包括近海与海岸湿地、河流湿地和人工湿地3类12型，湿地保有量52.24万公顷，居全省第二位。全市自然湿地保护率为 46.4%。有省级湿地自然保护区 1 个、省级湿地公园 2 个和自然湿地保护小区 69个。长江南通段干流周边湿地生态系统是南通市重要的湿地生物栖息地，热点区域包括五山片区、如皋市长青沙北部夹江段滨江滩地、通州区开沙岛湖库湿地、启东市兴隆沙滨江滩地，内陆湿地生态系统热点区域包括海安市里下河湿地、通州区石港湿地等。

【矿产】 南通市境内发育有与侵入岩有关的内生金属矿床。其中，铁储量3000万～4000万吨，属中型，矿品位在40%左 右；锌、钼、铋、铜、铅、锡、金、钴、钨等金属埋深300米以上。其他探明的矿产资源有煤、石油、沼气、江砂、地热等。

【海岸带】 南通市附近海域处于黄海南部，主体是大陆架，海岸带宽缓平坦，面积1.32万平方千米，是陆域面积的1.65倍。从海安市与东台市交接的老坝港到启东市圆陀角，海岸线长276千米，有淤涨型岸段126千米，有全国四大渔港之一的吕四渔港、蛎岈山和海岸带潮汐树等自然人文景观。